غیر از عوامل محیطی ، عوامل ژنتیکی در خاصیت جوجه درآوری تاثیر فراوان دارد . اینگونه عوامل را می توان با بهگزینی و بهنژادی از میان برد .
امروزه ثابت گردیده است که حدود 30 جفت ژن کشنده در طیور وجود دارد که بعضی از آنها در حالت ژن همگونی باعث تلف شدن جنین قبل از خروج از تخم مرغ می گردند . مثلا ژن Lady killer که یک ژن مغلوب و وابسته به جنس است و یا ژن ریز جثه ای باعث تلف شدن بیش از نیمی از جوجه مرغها در هفته اول جنینی می گردد .
در مؤسسات بهنژادی برای شناخت و از بین بردن این ژن ها فعالیت فراوانی انجام می پذیرد و خانواده هائی را که اینگونه صفات را نشان می دهند حذف می کنند . جفت گیری افراد همخون بخصوص اگر با دقت انجام نگیرد در میزان جوجه تاثیر منفی دارد . امروزه برای بالا بردن خاصیت جوجه درآوری بیشتر از آمیخته گری و یا جفت گیری تیره های همخون استفاده می شود .

امراض :
امراضی که به وسیله میکروارگانیزم های سالمونلا از جمله پولوروم به وجود می آیند تاثیر زیادی در جوجه شدن دارند . این گروه از باکتریها از طریق تخم مرغ از مادر به جوجه منتقل می شوند . تخم مرغهای آلوده به خوبی
تخم مرغهای سالم به جوجه تبدیل نمی شوند . اگر چه سایر امراض از طریق تخم مرغ به جوجه منتقل نمی شود ولی به طور غیر مستقیم و با تاثیر گذاشتن بر خصوصیات تخم مرغ جوجه درآوری را کاهش می دهند . برای مثال در بیماریهای نیوکاسل و برونشیت مزمن از طریق تغییر شکل دادن تخم مرغ و افزایش منافذ آن باعث می شوند که جوجه درآوری کاهش یابد . لذا تهیه تخم مرغهای سالم منجر به تولید بیشتر جوجه می شود .